Archive - Revision history

Magd: /* Projekt */

2009-04-21T13:13:10Z

‎Projekt

Magd at 10:51, 19 September 2008

2008-09-19T10:51:08Z

Rakowski at 14:10, 18 September 2008

2008-09-18T14:10:35Z

Rakowski at 14:06, 18 September 2008

2008-09-18T14:06:35Z

Show changes

Rakowski: New page: {{Menu Modul socjo}}

2008-09-18T13:54:33Z

New page: {{Menu Modul socjo}}

New page

@@ Line 3: / Line 3: @@
 == Projekt ==
-* <big>'''Projekt SSPE-CT-2006-44405 – Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems (RIVERS)'''</big>
+* <big>'''Projekt SSPE-CT-2006-44405 – Badanie i modelowanie odporności wirusów grypy w środowisku, zbiornikach wodnych, w powietrzu, oraz na powierzchniach &#8211; w systemach naturalnych oraz warunkach kontrolowanych laboratoryjnie'''</big>
 '''Wprowadzenie''' – Pojawienie się, w znaczącej skali, choroby ptasiej grypy wywoływanej przez wysoko patogenicznego wirusa (H5N1) genotypu A, postawiło wiele pytań i problemów w związku z odpowiedzialnością za politykę ochrony i prewencji, ryzyko gospodarcze i zdrowotne. Wiedza naukowa o ekologii i występowaniu wirusa H5N1 w środowisku naturalnym jest wysoce niedostateczna. W szczególności nie zbadany został strategicznie istotny mechanizm przetrwania wszystkich odmian wirusa HPAIV (Highly Patogenic Avian Influenza Virus), w tym w szczególności szczepu H5N1. Dostępne dane są ograniczone, a często nawet sprzeczne, istnieje bardzo mało informacji dotyczących zachowania się wirusa ptasiej grypy w środowisku, a zatem w akwenach wodnych, w powietrzu oraz w glebie i na powierzchniach gruntowych. Nie istnieją także wypracowane metody oraz standardowe protokoły wykrywania jego obecności w środowisku naturalnym, w odchodach, w glebie, organizmach innych niż ptaki, a także w roślinności. Techniki takie powinny umożliwić szybkie, ilościowe, wystarczająco czułe, a przede wszystkim powtarzalne, oznaczenia obecności i stężenia wirusa w rutynowy sposób, w standardowych warunkach (także, a nawet szczególnie w warunkach polowych, oraz przez niedoświadczony personel). Wyniki badań przeprowadzonych na innych podtypach wirusa grypy nie mogą zostać w prosty sposób zaadaptowane do badań nad wirusem H5N1, choć mogą i powinny służyć za punkt wyjścia przy opracowywaniu matod specyficznych dla serotypu H5N1.

@@ Line 1: / Line 1: @@
 {{Menu Modul socjo}}
-=== Projekt ===
+== Projekt ==
 * <big>'''Projekt SSPE-CT-2006-44405 – Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems (RIVERS)'''</big>
@@ Line 7: / Line 7: @@
 '''Wprowadzenie''' – Pojawienie się, w znaczącej skali, choroby ptasiej grypy wywoływanej przez wysoko patogenicznego wirusa (H5N1) genotypu A, postawiło wiele pytań i problemów w związku z odpowiedzialnością za politykę ochrony i prewencji, ryzyko gospodarcze i zdrowotne. Wiedza naukowa o ekologii i występowaniu wirusa H5N1 w środowisku naturalnym jest wysoce niedostateczna. W szczególności nie zbadany został strategicznie istotny mechanizm przetrwania wszystkich odmian wirusa HPAIV (Highly Patogenic Avian Influenza Virus), w tym w szczególności szczepu H5N1. Dostępne dane są ograniczone, a często nawet sprzeczne, istnieje bardzo mało informacji dotyczących zachowania się wirusa ptasiej grypy w środowisku, a zatem w akwenach wodnych, w powietrzu oraz w glebie i na powierzchniach gruntowych. Nie istnieją także wypracowane metody oraz standardowe protokoły wykrywania jego obecności w środowisku naturalnym, w odchodach, w glebie, organizmach innych niż ptaki, a także w roślinności. Techniki takie powinny umożliwić szybkie, ilościowe, wystarczająco czułe, a przede wszystkim powtarzalne, oznaczenia obecności i stężenia wirusa w rutynowy sposób, w standardowych warunkach (także, a nawet szczególnie w warunkach polowych, oraz przez niedoświadczony personel). Wyniki badań przeprowadzonych na innych podtypach wirusa grypy nie mogą zostać w prosty sposób zaadaptowane do badań nad wirusem H5N1, choć mogą i powinny służyć za punkt wyjścia przy opracowywaniu matod specyficznych dla serotypu H5N1.
-=== Uczestnicy Konsorcjum ===
+== Uczestnicy Konsorcjum ==
 W projekcie Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems (RIVERS) uczestniczy dziewięć instytucji, w tym trzy z kontynentu azjatyckiego:
@@ Line 23: / Line 23: @@
 Działają one na rzecz opracowania metod wykrywania i identyfikacji wirusa ptasiej grypy serotypu A(H5N1) w celu zapobiegania i ewentualnej kontroli wybuchów epidemii ptasiej grypy. Wśród zadań postawionych w projekcie należy wyszczególnić: [1] – mikrobiologiczne zbadanie podstaw przeżywalności wirusa ptasiej grypy, [2] – zbadanie wpływu związków chemicznych i warunków fizycznych na przetrwanie wirusa, [3] – wyznaczenie roli zbiorników środowiskowych, [4] – opracowanie standardowych metod wykrywania oraz pomiarów koncentracji wirusa w środowiskach wodnych, materiałach spożywczych, wodach ściekowych, itp., [5] – przygotowanie adekwatnej bazy danych wraz z odpowiednimi narzędziami do ich analizy, a jeśli to możliwe, także zbudowania odpowiednich modeli symulacyjnych, w celu opracowania schematów działań opartych na danych obserwacyjnych, które służyłyby zapobieganiu i kontroli rozprzestrzeniania się wirusa ptasiej grypy wśród ludzi i zwierząt. Szczególnie w trakcie ponownego przywracania hodowli, po wypadkach jej całkowitego zniszczenia w trybie prewencyjnym.
-=== Cele Projektu ===
+== Cele Projektu ==
 Zasadniczym celem projektu RIVERS (Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems) typu STREP (Specific Targeted REsearch or innovation Project), w ramach szóstego programu ramowego Unii Europejskiej, jest wypracowanie metod prewencyjnych i kontrolnych w stosunku do rozprzestrzeniania się wirusa ptasiej grypy A(H5N1). W ramach celu ogólnego można wyszczególnić następujące grupy:
@@ Line 33: / Line 33: @@
-=== Pakiety zadań projektu ===
+== Pakiety zadań projektu ==
 Pakiety (WP – WorkPackages) projektu RIVERS zgrupowane są w cztery programy (WPG – WorkProgrammes) według struktury i zawartości merytorycznej podanej jak następuje:
@@ Line 56: / Line 56: @@
 * WP11: Zarządzanie projektem.
-=== Planowane wyniki projektu ===
+== Planowane wyniki projektu ==
 '''Zakładane wyniki projektu i ich ewentualny wpływ na rozwój badań'''
@@ Line 68: / Line 68: @@
 Projekt RIVERS koncentruje się na zagadnieniach środowiskowych, przy czym centralne rolę w rozprzestrzeniania się wirusa grypy stanowi jego infekcyjności w odniesieniu do ptaków wodnych, które uważa się za pierwotnego nosiciela wirusa grypy. Chociaż istnieje pewien zbiór danych dotyczących infekcji wirusa wśród dzikiego ptactwa, niewiele wiadomo o ekologii wirusa AIV. Zarówno dane zawierające informacje o okresach zainfekowania dzikiego ptactwa wirusem AIV, jak i dane dotyczące cyrkulacji wirusa w środowiskach naturalnych i hodowlanych są niekompletne, a mechanizm przetrwania wirusa nie został wyjaśniony. Jednym z możliwych celów pakietu '''WP9''' jest opracowanie przypuszczalnych modeli opisujących występowanie i dynamikę populacji wirusa w trakcie rocznego cyklu. O ile znajdzie to potwierdzenie w danych gromadzonych w obrębie zadań WP0-WP8, oraz biorąc pod uwagę założenia powstałe z uwzględnieniem aktualnego stanu wiedzy dotyczącej rozprzestrzeniania się i występowania wirusa AIV w przyrodzie można będzie zapewne wstępnie zaproponować szereg schematów koncepcyjnych ewentualnej cyrkulacji wirusa H5N1 w rocznym cyklu rozwojowym.
-=== Symulacje w modelu dynamiki społecznej ===
+== Symulacje w modelu dynamiki społecznej ==
 ''' Wielkoskalowy model symulacyjny dynamiki zachowań różnych subtypów wirusa grypy w wielomilionowych populacjach nosicieli '''
 Z uwagi na niemal całkowity brak danych dotyczących przetrwalności oraz sposobów dezaktywacji wirusa ptasiej grypy A(H5N1) w środowiskach naturalnych, ze szczególnym uwzględnieniem akwenów wodnych, warunków sprzyjających przetrwaniu wirusa H5N1 w powietrzu, na powierzchniach czy w glebie – w początkowym etapie prac projektu RIVERS, zadania związane z budową modeli symulacyjnych koncentrować się będą na stworzeniu stochastycznej symulacji Monte Carlo. Model bazować będzie na metodologii, indywidualnych, heterogenicznych agentów software’owych, wyposażonych w atrybuty zarówno nosicieli (ludzkich), jak i ich immunologicznej historii przebytych infekcji z uwzględnieniem zakażenia szybko-zmiennymi serotypami HA1, HA3 oraz HB. Symulacje osiągnąć mają przede wszystkim zebranie statystycznie istotnych informacji o przebiegu epidemii, a zatem jej wybuchu, rozwoju i wygasania ognisk infekcji grypy wirusa A z uwzględnieniem genetycznej konkurencji serotypów H1N1, H3N2, oraz wirusa typu B. Model przewiduje asymilacje danych o gęstości populacji, rozmieszczeniu dużych zakładów pracy, szkół, oraz lokalizacji innych obiektów o wysokim współczynniku potencjalnych kontaktów osobników zakażonych i zdrowych, a także opartych o rozkłady gęstości informacji o częstotliwości i kierunkach podróży – zarówno jako typowych dojazdów do pracy/szkół etc, jak i z wykorzystaniem transportu na większych odległościach. Planowane jest przeprowadzenie symulacji w czasie quasi rzeczywistym, oraz z udziałem skalowalnej reprezentacji i rozmieszczenia skupisk ludności z uwzględnieniem ich georeferencji. Prawdopodobnie dla oddania zjawisk w 38-miomilionowej populacji modelowanej, wystarczające będzie używanie każdorazowo ok. 12–15 milionów osobników (agentów symulacji). Walidacja modelu powinna zatem, w pierwszej kolejności, umożliwić weryfikację zasadności i stosowalności przyjętego rodzaju skalowania. Następnie przewidziana jest analiza wrażliwości użytego modelu symulacyjnego w odniesieniu do parametrów wewnętrznych oraz walidacja w oparciu dostępne dane epidemiologiczne dla przemienności i fluktuacji występowania w populacji nosicieli subtypów wirusa H1N1, H3N2 oraz B. Bardzo istotnym elementem, w znaczny sposób decydującym o stopniu, w jakim powyższy model symulacyjny może być uznany za mimetyczny, czyli dobrze korespondujący z danymi obserwacyjnymi, jest jakościowe podobieństwo rezultatów analizy filogenetycznej odpowiadających sobie zespołów danych w obu przypadkach. Planowane jest w/z tym podjęcie prób przejścia z opisu jakościowego, do opisu chociażby pół-ilościowego, a zatem także do próby wypracowania kryteriów określenia stochastycznej istotności zmian obserwowanych w wyniku mutacyjnego dryfu kodu genetycznego poszczególnych serotypów wirusa grypy, oraz współbieżnych z nimi rezultatów modelowych. Jedną z możliwości jest zastosowanie metod nie wymagających uliniowania sekwencji podczas analizy, użyteczne np. przy filogenetycznych porównaniach całkowitych genomów, jednak ich stosowalność w przypadku analizy wirusów grypy wymagać będzie odrębnego potraktowania i weryfikacji.
-=== Rekomendacje i Popularyzacja ===
+== Rekomendacje i Popularyzacja ==
 '''Rekomendacje''' – ICM jest w projekcie RIVERS koordynatorem Programu Tematycznego III (WPG III), w ramach którego koordynuje prace nad wypracowaniem rekomendacji dla zapobiegania, kontroli i zarządzania kryzysowego w razie wybuchów epidemii ptasiej grypy wśród ptactwa dzikiego i hodowlanego, oraz innych działań, w oparciu o pozyskane dane eksperymentalne, wyniki modeli cząstkowych oraz modelu dynamiki zachowań wirusa A(H5N1) w różnych środowiskach.
 '''Popularyzacja''' – udostępnianie i rozpowszechnianie wyników projektu odbywać się będzie przede wszystkim poprzez publikacje naukowe, a także w postaci raportów dla komitetu SPP-5B-INFLUENZA przy komisarzu UE. Zasadnicze informacje o przebiegu prac znajdą się na oficjalnej stronie konsorcjum [http://www.rivers.eu RIVERS]. Dodatkowo, dedykowany serwer zlokalizowany w ICM, obok pełnienia funkcji bezpiecznego repozytorium danych dla sieci intranet wewnątrz konsorcjum, służy jako platforma udostępniania i wizualizacji wyników symulacji, ze szczególnym uwzględnieniem rezultatów tematu: „Wielkoskalowy model symulacyjny dynamiki zachowań różnych subtypów wirusa grypy w wielomilionowych populacjach nosicieli”, który z uwagi na wykorzystywanie wyłącznie publicznie dostępnych danych populacyjnych i genetycznych, oraz epidemiologiczny charakter oczekiwanych wyników jest szczególnie predestynowany do szerokiego upowszechnienia. ICM, równolegle do zadań realizowanych w ramach umowy konsorcyjnej, popularyzować będzie także wyniki polskie. Zadania popularyzacyjne będzie częściowo finansowane ze środków własnych centrum. Względy aktualności informacji, polityki upowszechniania wiedzy w ICM, etc., wymagają utrzymania i stałej aktualizacji stron WWW projektu. Poza obsługą techniczną potrzebna będzie także stała praca edytorska, redakcyjna i dokonywanie przekładów. W ramach wkładu własnego ICM zapewni obsługę techniczną serwera WWW, oraz aktualizację bieżącą stron WWW.

← Older revision		Revision as of 14:10, 18 September 2008
Line 1:		Line 1:
	{{Menu Modul socjo}}		{{Menu Modul socjo}}
−
−	~~=== Projekt ===~~
−
−	* <big>'''Projekt SSPE-CT-2006-44405 – Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems (RIVERS)'''</big>
−
−	'''Wprowadzenie''' – Pojawienie się, w znaczącej skali, choroby ptasiej grypy wywoływanej przez wysoko patogenicznego wirusa (H5N1) genotypu A, postawiło wiele pytań i problemów w związku z odpowiedzialnością za politykę ochrony i prewencji, ryzyko gospodarcze i zdrowotne. Wiedza naukowa o ekologii i występowaniu wirusa H5N1 w środowisku naturalnym jest wysoce niedostateczna. W szczególności nie zbadany został strategicznie istotny mechanizm przetrwania wszystkich odmian wirusa HPAIV (Highly Patogenic Avian Influenza Virus), w tym w szczególności szczepu H5N1. Dostępne dane są ograniczone, a często nawet sprzeczne, istnieje bardzo mało informacji dotyczących zachowania się wirusa ptasiej grypy w środowisku, a zatem w akwenach wodnych, w powietrzu oraz w glebie i na powierzchniach gruntowych. Nie istnieją także wypracowane metody oraz standardowe protokoły wykrywania jego obecności w środowisku naturalnym, w odchodach, w glebie, organizmach innych niż ptaki, a także w roślinności. Techniki takie powinny umożliwić szybkie, ilościowe, wystarczająco czułe, a przede wszystkim powtarzalne, oznaczenia obecności i stężenia wirusa w rutynowy sposób, w standardowych warunkach (także, a nawet szczególnie w warunkach polowych, oraz przez niedoświadczony personel). Wyniki badań przeprowadzonych na innych podtypach wirusa grypy nie mogą zostać w prosty sposób zaadaptowane do badań nad wirusem H5N1, choć mogą i powinny służyć za punkt wyjścia przy opracowywaniu matod specyficznych dla serotypu H5N1.
−
−	~~=== Uczestnicy Konsorcjum ===~~
−
−	~~W projekcie Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems (RIVERS) uczestniczy dziewięć instytucji, w tym trzy z kontynentu azjatyckiego:~~
−
−	~~# '''Institut Pasteur de Paris''' (koordynator projektu) – 25-28 rue du Docteur Roux, 75015, Paris, France~~
−	~~# '''Cantacuzino National Institute of Research and Development Microbiology and Immunology''' – Splaiul Independentei 103, district 5, Bucuresti, 1-525 050096, Romania~~
−	~~# '''The Stephan Angeloff Institute of Microbiology''' – Acad. G. Bonchev Str. 26, Sofia, 1113, Bulgaria~~
−	~~# '''Institut Pasteur du Cambodge''' – 5, Monivong Boulevard, Phnom Penh, 983, Cambodia~~
−	~~# '''Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences''' – Pasteur Institute of Shanghai – 225 South Chong Qing Rd., #2, Shanghai, 200025, China~~
−	~~# '''Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD)''' – 42 rue Scheiffer, 75116 Paris, France~~
−	~~# '''Institut Pasteur de Lille''' – 1 rue du Professeur Calmette, 59019, Lille, France~~
−	~~# '''Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego''' – Pawińskiego 5A, Blok D, Warszawa PL-02-106, Poland~~
−	~~# '''Wuhan Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences''' – Xiaohongshan 44, Wuhan, 430071, China~~

	=== Projekt ===		=== Projekt ===