RiversWiki - User contributions [en]

MediaWiki:Sidebar

2009-03-17T16:51:43Z

Rakowski:

Epidemics:guineapigs:results

2008-11-24T10:51:10Z

Rakowski:

The obtained classification of experimental points in the parameter space is shown graphically in Figure 2.

{|border="none", align="center"
|-
| [[Image:flu_spread_model_zuk_rakowski_radomski_Fig2a.gif |400px|left| '''Fig.2a''']] || [[Image:flu_spread_model_zuk_rakowski_radomski_Fig2b.gif |400px|right| '''Fig.2b''' ]]
|-
| colspan="2" | '''Fig. 2: Classification of the parameter sets for (a) 20<math>^\mathrm{o}</math>C and (b) 5<math>^\mathrm{o}</math>C. For both temperatures, each humidity value sets a single compact area in the parameter space. The curved surfaces are boundaries between those areas; the respective humidity values are indicated by the color of the appropriate region of the vertical slice surface. The dark surface on (a) is drawn between the 20% and 65% areas'''
|}

The most striking feature is that neither of the parameter sets has been classified to 35% humidity for 20<math>^\mathrm{o}</math>C (the lack of 80% points for 20<math>^\mathrm{o}</math>C is due to lack of the corresponding virus transmission, and of 20% points for 5<math>^\mathrm{o}</math>C, of an appropriate data, respectively). Also the points belonging to 20% humidity lie only in a quite narrow range of high, and rather unexpected, <math>\alpha_2</math> values. We consider the occurrence of late infections in the corresponding experiments, together with the lack of infections on intermediate days, to be a possible cause of this behavior. Indeed, in our model such a situation is most similar to the distributions provided by surprisingly high values of <math>\alpha_2</math>. But this could never be typical because the infection probability is always a decreasing function of time, at least from the 3rd day. However, during Monte Carlo simulations, it is possible sometimes to obtain results that display this feature, even for quite reasonable parameters. Due to the experimental data set limitations, involving a rather small number of animals, it is not easy to determine whether those late infections are simply fluctuations, or rather a symptom of a certain phenomenon the model does not yet take into consideration.

Another striking feature of the classification for 20<math>^\mathrm{o}</math>C is the fact that the 50% humidity area is placed uppermost, above the areas representing 20% and 65% humidity. This is not consistent with the above-mentioned pattern of transmission dependency on relative humidity that was observed in the experimental results. Indeed, there was a local minimum of transmission observed at this humidity value, and therefore we would rather expect <math>\gamma</math> values in corresponding parameter sets to be smaller, not larger than the rest. This divergence is probably due to the extreme limitation of available data—as the virus transmission under these conditions was at a low level, only two infection cases occurred. This resulted in a very small, unrealistic standard deviation for the distribution of infection days. Thus, the distance between the simulation results for parameters expected to be relevant and the corresponding experimental result was much greater than it should be and exceeded the distance to the closest improper condition set. On the other hand, a small <math>\sigma</math> value corresponds to the situation that occurs in the model when <math>\gamma</math> is very high—nearly all pigs become infected on the 1st day. This might be a possible explanation why the parameter sets with high <math>\gamma</math> values have been classified to this humidity level conditions.

For 5<math>^\mathrm{o}</math>C the least distances (with all experimental points included) appear for the four sets of <math>\alpha_1</math> and <math>\alpha_2</math> values shown in Table 4.
Possible values of <math>\gamma</math> for particular humidity levels at this temperature, provided those values of alphas, are shown in Figure 3. They seem to be consistent with the experimental results of Lowen ''et al.''<ref name="lowen2007">Lowen A C, Mubareka S, Steel J, Palese P, ''Influenza Virus Transmission Is Dependent on Relative Humidity and Temperature'', PLoS Pathogens 3(10), 2007, p151</ref>

{|align="center" class="rtable" width="50%"
|+ | '''Tab. 4: The four <math>\alpha_1</math> and <math>\alpha_2</math> value sets for which minimal distances at 5<math>^\mathrm{o}</math>C appear, with all humidity values being represented'''
|-
! <math>\alpha_1</math>
| 0.35 || 0.40 || 0.45 || 0.50
|-
! <math>\alpha_2</math>
| 0.00 || 0.00 || 0.02 || 0.02
|-
|}

{|border="none", align="center"
|-
| [[Image:flu_spread_model_zuk_rakowski_radomski_Fig3a.png |400px|left| '''Fig.3a''']] || [[Image:flu_spread_model_zuk_rakowski_radomski_Fig3b.png |400px|right| '''Fig.3b''' ]]
|-
| colspan="2" | '''Fig. 3: Gamma vs. humidity for 5<math>^\mathrm{o}</math>C and (<math>\alpha_1</math>, <math>\alpha_2</math>) equal (0.35, 0) and (0.45, 0.02) respectively. Only the points for which the distance is not greater than 0.8 are shown'''
|}

For 20<math>^\mathrm{o}</math>C the minimal distances (of about 0.2) to the 65% humidity experimental result occur, with the above alphas, for <math>\gamma</math> values 0.04—0.045. This is the only conclusion that appears reasonable since the experimental data for other humidity values are probably distorted by statistical fluctuations, arising from the insufficient number of cases. The ''V''-space distances between any point classified to 20% or 50% humidity and the appropriate experimental result are greater than most of the distances between particular experimental results, indicating that the classification for this temperature is not satisfactory. Due to the sparseness of experimental data, it would be interesting to search for another metric that does not rely on the distribution of the days on which infection occurred. Or, possibly, to calibrate our simulation model with a significantly larger experimental data set. Nevertheless, we consider the correlation between experimental and simulation results to be sufficient for the purpose of using transmissibility values obtained from this simple model as one of the inputs for intended large-scale epidemiological studies in the near future.

== References ==

<references/>

MediaWiki:Common.css

2008-11-24T10:50:32Z

Rakowski:

/* CSS placed here will be applied to all skins */

/* displayed formula, formula number */
div.texdisplay {
margin: 3px; padding: 3px;
background-color: transparent;
text-align:center;
}
/* change to float:left if you want formula numbers appear on the left */
div.texdisplay span.dispno {
float: right;
}

/* Menu riversowe */
table.riversmenu {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
margin: 0 0 1em 1em; clear: right;
margin-left:70px;
}
table.riversmenu th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.riversmenu th {
text-align: center;
background-color: #660000;
color: #CCCCFF;
font-size: 115%;
}
/* tabelki */
table.rtable {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
/*margin: 0 0 1em 1em; clear: right;*/
/*margin-left:70px;*/
}
table.rtable th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.rtable th {
text-align: center;
background-color: #C6AEC7;
color: #CCCCFF;
font-size: 100%;
font-weight: bold;
}

Epidemics:guineapigs:model

2008-11-14T13:21:18Z

Rakowski:

{{Menu epidemics-guineapigs}}

 
 

=== Model's assumptions ===

We have formulated a discrete stochastic model based on the probability of infection. To estimate this probability, we apply a simple generalized linear model (GLM), with <math>f(p) = \ln(1-p)</math> as the link function. This is a standard approach that has been successfully adopted in various related contexts for modeling influenza<ref name="ferguson2005">FERGUSON N M, Cummings D, Cauchemez S, Fraser C, Riley S, Meeyai A, Iamsirithaworn S, and Burke D, ''Strategies for containing an emerging influenza pandemic in Southeast Asia'', Nature, 437 (2005), p209</ref><ref name="stegeman2004">STEGEMAN A, Bouma A, Elbers A R W, de Jong M C M, Nodelijk G, de Klerk F, Koch G, van Boven M,''Avian Influenza A Virus (H7N7) Epidemic in The Netherlands in 2003: Course of the Epidemic and Effectiveness of Control Measures'', J. Inf. Dis. 190, 2004</ref>. The model starts from day zero, when all non pre-infected animals are healthy. For each consecutive day, we calculate the probabilities that each individual, among those not yet infected, will be infected on that day, and then we randomly check whether any of the possible infections actually happens.
The infection history is subsequently updated, and the algorithm moves to the next day.

We assume the four following conditions:

'''1.''' The probability that the ''i''th individual will be infected on a particular day (provided that it had not been infected previously) is

<math>p_i = 1 - \exp\left(-\gamma(T,H)\sum_j \alpha_{ij}\beta_j\right) </math>

where <math>\beta_j</math> is a measure of virus concentration in the respiratory tract of the ''j''th individual (decimal logarithm of the number of PFU in one ml of its nasal wash). The summation goes over individuals placed on the same and on adjacent shelves. Spatial coefficients <math>\alpha_{ij}</math> are related to the probabilities that an aerosol drop, shed by the ''j''th animal, will get to the ''i''th guinea pig's cage. The coefficient <math>\gamma(T,H)</math> reflects the dependence of the virus transmission rate on the air temperature (''T'') and relative humidity (''H'').

'''2.''' The course of influenza (virus concentration in nasal wash on the days subsequent to infection) depends only on the ambient temperature. Therefore, for each individual that became infected via air during the course of each particular experiment, the concentrations were assigned values reflecting the average case for that temperature. Table 1 shows the mean concentrations measured on particular days after infection, separately for each temperature. Functions comprising two linear pieces appear to be a reasonable guess, as shown in Figure 1.

{| class="rtable" align="center" width=90%
|+ align="top" | '''tab.1: The average virus concentration in nasal wash of individual guinea pigs infected via air. For each individual, day 1 is the day when a measurable virus quantity first appeared in its respiratory tract'''

|-
! Day
| 1 || 2 || 3 || 4 || 5 || 6 || 7 || 8 || 9
|-
! Concentration, <math>T = 20^o</math>
| 1.52 || 4.52 || 5.63 || 6.89 || 6.06 || 3.26 || 1.88 || - || -
|-
! Concentration, <math>T = 5^o</math>
| 1.91 || 4.40 || 5.72 || 7.02 || 6.01 || 4.54 || 3.52 || 1.77 || -
|-
! Std. deviation square
| 0.40 || 0.59 || 1.26 || 0.32 || 2.38 || 1.44 || 3.18 || 2.34 || -
|-
|}

{|border="none", align="center"
|-
| [[Image:flu_spread_model_zuk_rakowski_radomski_Fig1a.png |frame|left| '''Fig.1a''']] || [[Image:flu_spread_model_zuk_rakowski_radomski_Fig1b.png |frame| '''Fig.1b''' ]]
|-
| colspan="2" | '''The two piecewise linear approximations of the infection course. For <math>20</math> the best fit is <math>\beta(t) = 2.23 t - 0.61</math> for the growing part and <math>-1.63 t + 13.62</math> for the falling; for <math>5</math> it is <math>2.03 t - 0.01</math> and <math>-1.27 t + 12.13</math> respectively. We assume <math>\beta = 0</math> if the amount of virus is undetectable or zero'''
|}

This may be interpreted as a two-phase infection course: first, the virus concentration grows exponentially (the scale is logarithmic), and subsequently (mostly as a result of the immune system activation) it exponentially falls. The transition between phase 1 and 2 is always sharp.

'''3.''' A detectable virus presence in the respiratory tract begins 2 days after the infection. Such an assumption is drawn from the fact that the virus was not detectable in nasal wash earlier than the third day of experiment. A lack of infections during the first day, when the virus concentrations in pre-infected individuals is supposed to be high, is of little probability. This is consistent with the major biological and clinical experience, which shows that the influenza proper begins rapidly after 2-3 days of a rather asymptomatic and non-infectious incubation period<ref name="carrat2008">Carrat F, Vergu E, Ferguson N M, Lemaitre M, Cauchemez S, Leach S, Valleron A J, ''Time Lines of Infection and Disease in Human Influenza: A Review of Volunteer Challenge Studies'', Am. J. Epid. 167(7), 2008</ref><ref name="collier93">Collier L, Oxford J, ''Human virology'', Oxford University Press, 1993</ref>.
Accordingly, we shifted the assumed average infection course such that <math>\beta = 0</math> on the first day. The final concentration values are shown in Table 2.

'''4.''' The infection course in pre-infected individuals also consists of two linear (on a logarithmic scale) phases. Concentration values for the descending phase come from the measurement<ref name="lowen2007">Lowen A C, Mubareka S, Steel J, Palese P, ''Influenza Virus Transmission Is Dependent on Relative Humidity and Temperature'', PLoS Pathogens 3(10), 2007, p151</ref> (We fitted a linear function for these values. However, they were originally of a nearly linear nature.). Due to the lack of the respective experimental data, for the ascending phase we assumed the slope to be the same as for animals infected via air. The virus concentration values for those individuals are also shown in Table 2.

=== Propagation of infection ===

=== An infection space ===

=== Extraction of unknown parameters ===

== References ==

<references/>

MediaWiki:Sidebar

2008-10-31T15:46:56Z

Rakowski:

MediaWiki:Sidebar

2008-09-30T14:09:10Z

Rakowski:

Socio module

2008-09-25T08:49:45Z

Rakowski: /* Statistical Poland */

{{Menu Socio module}}

 
 

== General ==

In this area only some statistics were performed based on the virtual society model developed in the [[Virtual_society | Virtual Society]] section.

Below are some basic numbers and statistical information concerning Poland.

== Statistical Poland ==

Population and the number of women and, as well as the number of households are given in Tab.1.

{| class="rtable" align="right" width=50%
|+ align="left" | '''tab.1'''
! colspan="4" | Population statistics
|-
|| Population || <math>38.2</math> x <math>10^6</math> || rowspan="3" | Households ||rowspan="3" | <math>13.3</math> x <math>10^6</math>
|-
|| Women || <math>19.7</math> x <math>10^6</math>
|-
|| Men || <math>18.5</math> x <math>10^6</math>
|}

The administrative hierarchy of Poland is the following. The highest level belongs to [http://en.wikipedia.org/wiki/Voivodeship ''voivodeship''], which, following the European Nomenclature of Territorial Units for Statistics (NUTS) is classified as NUTS-2. There are 16 voivodeships in Poland. Second level constitute about 380 [http://en.wikipedia.org/wiki/Poviat ''poviat''s] (NUTS-4). The lowest level in the NUTS hierarchy is a [http://en.wikipedia.org/wiki/Gmina ''commune''] (NUTS-1). There are about 2500 communes in Poland. There are several types of communes, but basically only three appear in Poland:

[[Image:commune_types.png|thumb|left| Fig.1]]

* urban/city communes (areas of larger cities)
* village/rural communes (area comprising several villages)
* city-village (urban-rural/mixed) (area comprising one smaller city and several villages)

The distribution of these 3 types of communes in Poland is presented in Fig.1. One can see that the total area of city communes is order of magnitude smaller than the total area of rural communes and about six times smaller than the total area of mixed communes. The corresponding numbers are given in Tab.1.

{|class="rtable" align="right" width=50%
|+ align="left" | '''tab.2'''
!| Commune type ||align="right"| Population ||align="right"| Area [km2] ||align="right"| Population density [km-2]
|-
| align="center" | urban ||align="right"| <math>20.3</math> x <math>10^6</math>||align="right"| 15307 ||align="right"| 1328
|-
| align="center" | rural ||align="right"| <math>9.7</math> x <math>10^6</math> ||align="right"| 198457 ||align="right"| 49
|-
| align="center" | urban-rural||align="right"| <math>7.8</math> x <math>10^6</math> ||align="right"| 99586 ||align="right"| 79
|-
|}

Most of the results presented here will be given in communal or poviat resolution.

{| class="rtable" align="right" width=50%
|+ align="left" | '''tab.3'''
! colspan="4" | Education and employment
|-
|| Primary school pupils || <math>2.9</math> x <math>10^6</math> || rowspan="3" | Schools || <math>13.7</math> x <math>10^3</math>
|-
|| Secondary school students || <math>1.6</math> x <math>10^6</math> || <math>6.3</math> x <math>10^3</math>
|-
|| College students || <math>2.5</math> x <math>10^6</math> || <math>1.9</math> x <math>10^3</math>
|-
|| Employed || <math>7.7</math> x <math>10^6</math> || Workplaces || <math>140</math> x <math>10^3</math>
|}

MediaWiki:Common.css

2008-09-25T08:41:57Z

Rakowski:

/* CSS placed here will be applied to all skins */

/* displayed formula, formula number */
div.texdisplay {
margin: 3px; padding: 3px;
background-color: transparent;
text-align:center;
}
/* change to float:left if you want formula numbers appear on the left */
div.texdisplay span.dispno {
float: right;
}

/* Menu riversowe */
table.riversmenu {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
margin: 0 0 1em 1em; clear: right;
margin-left:70px;
}
table.riversmenu th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.riversmenu th {
text-align: center;
background-color: #660000;
color: #CCCCFF;
font-size: 115%;
}
/* tabelki */
table.rtable {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
margin: 0 0 1em 1em; clear: right;
margin-left:70px;
}
table.rtable th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.rtable th {
text-align: center;
background-color: #C6AEC7;
color: #CCCCFF;
font-size: 100%;
font-weight: bold;
}

MediaWiki:Common.css

2008-09-25T08:40:30Z

Rakowski:

/* CSS placed here will be applied to all skins */

/* displayed formula, formula number */
div.texdisplay {
margin: 3px; padding: 3px;
background-color: transparent;
text-align:center;
}
/* change to float:left if you want formula numbers appear on the left */
div.texdisplay span.dispno {
float: right;
}

/* Menu riversowe */
table.riversmenu {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
margin: 0 0 1em 1em; clear: right;
margin-left:70px;
}
table.riversmenu th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.riversmenu th {
text-align: center;
background-color: #660000;
color: #CCCCFF;
font-size: 115%;
}
/* tabelki */
table.rtable {
#background-color: #CCCCFF;
background-color: #C2DFFF;
color: #660000;
#color: #C6AEC7;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
margin: 0 0 1em 1em; clear: right;
margin-left:70px;
}
table.rtable th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.rtable th {
text-align: center;
#background-color: #660000;
background-color: #C6AEC7;
#color: #CCCCFF;
color: #C2DFFF;
font-size: 100%;
font-weight: bold;
}

MediaWiki:Common.css

2008-09-25T08:37:38Z

Rakowski:

/* CSS placed here will be applied to all skins */

/* displayed formula, formula number */
div.texdisplay {
margin: 3px; padding: 3px;
background-color: transparent;
text-align:center;
}
/* change to float:left if you want formula numbers appear on the left */
div.texdisplay span.dispno {
float: right;
}

/* Menu riversowe */
table.riversmenu {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
margin: 0 0 1em 1em; clear: right;
margin-left:70px;
}
table.riversmenu th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.riversmenu th {
text-align: center;
background-color: #660000;
color: #CCCCFF;
font-size: 115%;
}
/* tabelki */
table.rtable {
#background-color: #CCCCFF;
background-color: #E9CFEC;
color: #660000;
#color: #C6AEC7;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
margin: 0 0 1em 1em; clear: right;
margin-left:70px;
}
table.rtable th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.rtable th {
text-align: center;
#background-color: #660000;
background-color: #C6AEC7;
#color: #CCCCFF;
color: #E9CFEC;
font-size: 100%;
font-weight: bold;
}

Socio module

2008-09-25T08:24:02Z

Rakowski: /* Statistical Poland */

{{Menu Socio module}}

 
 

== General ==

In this area only some statistics were performed based on the virtual society model developed in the [[Virtual_society | Virtual Society]] section.

Below are some basic numbers and statistical information concerning Poland.

== Statistical Poland ==

Population and the number of women and, as well as the number of households are given in Tab.1.

{| class="riversmenu" align="right" width=60%
|+ align="center" | '''tab.1: Population'''
|-
|| Population || <math>38.2</math> x <math>10^6</math> || rowspan="3" | Households ||rowspan="3" | <math>13.3</math> x <math>10^6</math>
|-
|| Women || <math>19.7</math> x <math>10^6</math>
|-
|| Men || <math>18.5</math> x <math>10^6</math>
|}

The administrative hierarchy of Poland is the following. The highest level belongs to [http://en.wikipedia.org/wiki/Voivodeship ''voivodeship''], which, following the European Nomenclature of Territorial Units for Statistics (NUTS) is classified as NUTS-2. There are 16 voivodeships in Poland. Second level constitute about 380 [http://en.wikipedia.org/wiki/Poviat ''poviat''s] (NUTS-4). The lowest level in the NUTS hierarchy is a [http://en.wikipedia.org/wiki/Gmina ''commune''] (NUTS-1). There are about 2500 communes in Poland. There are several types of communes, but basically only three appear in Poland:

[[Image:commune_types.png|thumb|left| Fig.1]]

* urban/city communes (areas of larger cities)
* village/rural communes (area comprising several villages)
* city-village (urban-rural/mixed) (area comprising one smaller city and several villages)

The distribution of these 3 types of communes in Poland is presented in Fig.1. One can see that the total area of city communes is order of magnitude smaller than the total area of rural communes and about six times smaller than the total area of mixed communes. The corresponding numbers are given in Tab.1.

{|class="riversmenu" align="right" width=60%
!| Commune type ||align="right"| Population ||align="right"| Area [km2] ||align="right"| Population density [km-2]
|-
| align="center" | urban ||align="right"| <math>20.3</math> x <math>10^6</math>||align="right"| 15307 ||align="right"| 1328
|-
| align="center" | rural ||align="right"| <math>9.7</math> x <math>10^6</math> ||align="right"| 198457 ||align="right"| 49
|-
| align="center" | urban-rural||align="right"| <math>7.8</math> x <math>10^6</math> ||align="right"| 99586 ||align="right"| 79
|-
|}

Most of the results presented here will be given in communal or poviat resolution.

{| class="riversmenu" align="right" width=60%
|+ align="center" | '''tab.2: Education and employment'''
|-
|| Primary school pupils || <math>2.9</math> x <math>10^6</math> || rowspan="3" | Schools || <math>13.7</math> x <math>10^3</math>
|-
|| Secondary school students || <math>1.6</math> x <math>10^6</math> || <math>6.3</math> x <math>10^3</math>
|-
|| College students || <math>2.5</math> x <math>10^6</math> || <math>1.9</math> x <math>10^3</math>
|-
|| Employed || <math>7.7</math> x <math>10^6</math> || Workplaces || <math>140</math> x <math>10^3</math>
|}

Socio module:data

2008-09-23T11:02:34Z

Rakowski: New page: {{Menu Socio module}} {{stub}}

{{Menu Socio module}}
{{stub}}

Template:Stub

2008-09-23T11:02:08Z

Rakowski:

<div class="stub">

{| width="33%" align="left" style="background: #CCCCFF; color: #660000; text-align: center; border: 1px dashed #660000; font-size: 120%; margin: 1em auto 1em 1em; clear: left;"
! colspan="2" style="background: #660000;" | [[Image:sierobi.png|50px]]
|-
| colspan="2" | '''Page under construction'''.
|}
</div>

MediaWiki:Common.css

2008-09-23T10:45:43Z

Rakowski:

MediaWiki:Common.css

2008-09-23T10:31:53Z

Rakowski:

/* CSS placed here will be applied to all skins */

/* displayed formula, formula number */
div.texdisplay {
margin: 3px; padding: 3px;
background-color: transparent;
text-align:center;
}
/* change to float:left if you want formula numbers appear on the left */
div.texdisplay span.dispno {
float: right;
}

/* Menu riversowe - testy?? */
table.riversmenu {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
margin: 0 0 1em 1em; clear: right;
margin-left:70px;
}
table.riversmenu th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.riversmenu th {
text-align: center;
background-color: #660000;
color: #CCCCFF;
font-size: 115%;
}

/* Ramka - stub */
table.stubtab {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px dashed #660000;
padding: 1px;
font-size: 120%;
border-spacing: 0;
margin: 1em auto 1em 1em; clear: left;
}
table.stubtab th, table.stubtab td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.stubtab th {
text-align: center;
background-color: #660000;
color: #CCCCFF;
font-size: 115%;
}

MediaWiki:Common.css

2008-09-23T10:25:44Z

Rakowski:

/* CSS placed here will be applied to all skins */

/* displayed formula, formula number */
div.texdisplay {
margin: 3px; padding: 3px;
background-color: transparent;
text-align:center;
}
/* change to float:left if you want formula numbers appear on the left */
div.texdisplay span.dispno {
float: right;
}

/* Menu riversowe - testy?? */
table.riversmenu {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
margin: 0 0 1em 1em; clear: right;
margin-left:70px;
}
table.riversmenu th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.riversmenu th {
text-align: center;
background-color: #660000;
color: #CCCCFF;
font-size: 115%;
}


table.stubtab {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px dashed #660000;
padding: 1px;
font-size: 120%;
border-spacing: 0;
margin: 1em auto 1em 1em; clear: left;
}
table.stubtab th, table.stubtab td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.stubtab th {
text-align: center;
background-color: #660000;
color: #CCCCFF;
font-size: 115%;
}

Template:Stub

2008-09-23T10:24:43Z

Rakowski:

{| class="stub" width="33%" align="left"
! colspan="2" | [[Image:sierobi.png|50px]]
|-
| colspan="2" | Page under construction.
|}

MediaWiki:Common.css

2008-09-23T10:24:31Z

Rakowski:

/* CSS placed here will be applied to all skins */

/* displayed formula, formula number */
div.texdisplay {
margin: 3px; padding: 3px;
background-color: transparent;
text-align:center;
}
/* change to float:left if you want formula numbers appear on the left */
div.texdisplay span.dispno {
float: right;
}

/* Menu riversowe - testy?? */
table.riversmenu {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
margin: 0 0 1em 1em; clear: right;
margin-left:70px;
}
table.riversmenu th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.riversmenu th {
text-align: center;
background-color: #660000;
color: #CCCCFF;
font-size: 115%;
}


table.stub {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px dashed #660000;
padding: 1px;
font-size: 120%;
border-spacing: 0;
margin: 1em auto 1em 1em; clear: left;
}
table.stub th, table.stub td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.stub th {
text-align: center;
background-color: #660000;
color: #CCCCFF;
font-size: 115%;
}

Template:Stub

2008-09-23T10:20:16Z

Rakowski:

{| class="stub" width="33%" align="left"
| [[Image:sierobi.png|50px]] || align="center" | Page under construction.
|}

MediaWiki:Common.css

2008-09-23T10:19:55Z

Rakowski:

/* CSS placed here will be applied to all skins */

/* displayed formula, formula number */
div.texdisplay {
margin: 3px; padding: 3px;
background-color: transparent;
text-align:center;
}
/* change to float:left if you want formula numbers appear on the left */
div.texdisplay span.dispno {
float: right;
}

/* Menu riversowe - testy?? */
table.riversmenu {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
margin: 0 0 1em 1em; clear: right;
margin-left:70px;
}
table.riversmenu th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.riversmenu th {
text-align: center;
background-color: #660000;
color: #CCCCFF;
font-size: 115%;
}


table.stub {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px dashed #660000;
padding: 1px;
font-size: 120%;
border-spacing: 0;
margin: 1em auto 1em 1em; clear: left;
}

MediaWiki:Common.css

2008-09-23T10:18:06Z

Rakowski:

/* CSS placed here will be applied to all skins */

/* displayed formula, formula number */
div.texdisplay {
margin: 3px; padding: 3px;
background-color: transparent;
text-align:center;
}
/* change to float:left if you want formula numbers appear on the left */
div.texdisplay span.dispno {
float: right;
}

/* Menu riversowe - testy?? */
table.riversmenu {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px solid #660000;
padding: 1px;
font-size: 100%;
border-spacing: 0;
margin: 0 0 1em 1em; clear: right;
margin-left:70px;
}
table.riversmenu th, table.riversmenu td {
padding: 0.3ex 1ex;
border: none;
}
table.riversmenu th {
text-align: center;
background-color: #660000;
color: #CCCCFF;
font-size: 115%;
}


table.stub {
background-color: #CCCCFF;
color: #660000;
text-align: center;
border: 1px dashed #660000;
padding: 1px;
border-spacing: 0;
margin: 1em auto 1em 1em; clear: left;
}

MediaWiki:Common.css

2008-09-23T10:11:33Z

Rakowski:

MediaWiki:Common.css

2008-09-23T10:07:03Z

Rakowski:

MediaWiki:Common.css

2008-09-23T10:04:26Z

Rakowski:

MediaWiki:Common.css

2008-09-23T10:02:30Z

Rakowski:

Template:Menu Socio module

2008-09-23T10:00:53Z

Rakowski:

{| class="riversmenu" align="right" width=60%
! colspan="2" | [[virtual_society | Virtual society]] | <big>Socio-Module</big> | [[epidemics | Virus spread]] | [[literature | Literature]] | [[archive | Version ]] [[Image:Polish.png|32px]]
|-
| colspan="2" align="left" | [[Socio_module:data | '''Data''']] | [[ Socio_module:model | '''Model''' ]] | [[ Socio_module:results | '''Results''']]
|}

MediaWiki:Common.css

2008-09-23T10:00:37Z

Rakowski:

Template:Menu Socio module

2008-09-23T09:56:17Z

Rakowski:

{| align="right" width=60% class="riversmenu"
! colspan="2" style="background:#32127A; color:#CCCCFF;" | [[virtual_society | Virtual society]] | <big>Socio-Module</big> | [[epidemics | Virus spread]] | [[literature | Literature]] | [[archive | Version ]] [[Image:Polish.png|32px]]
|-
| colspan="2" align="left" | [[Socio_module:data | '''Data''']] | [[ Socio_module:model | '''Model''' ]] | [[ Socio_module:results | '''Results''']]
|}

MediaWiki:Common.css

2008-09-23T09:56:07Z

Rakowski:

Rivers

2008-09-18T14:42:11Z

Rakowski:

== Project summary ==

* <big>'''SSPE-CT-2006-44405 – Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems (RIVERS)'''</big>

== Participating Institutes ==

W projekcie Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems (RIVERS) uczestniczy dziewięć instytucji, w tym trzy z kontynentu azjatyckiego:

# '''Institut Pasteur de Paris''' (koordynator projektu) – 25-28 rue du Docteur Roux, 75015, Paris, France
# '''Cantacuzino National Institute of Research and Development Microbiology and Immunology''' – Splaiul Independentei 103, district 5, Bucuresti, 1-525 050096, Romania
# '''The Stephan Angeloff Institute of Microbiology''' – Acad. G. Bonchev Str. 26, Sofia, 1113, Bulgaria
# '''Institut Pasteur du Cambodge''' – 5, Monivong Boulevard, Phnom Penh, 983, Cambodia
# '''Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences''' – Pasteur Institute of Shanghai – 225 South Chong Qing Rd., #2, Shanghai, 200025, China
# '''Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD)''' – 42 rue Scheiffer, 75116 Paris, France
# '''Institut Pasteur de Lille''' – 1 rue du Professeur Calmette, 59019, Lille, France
# '''Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego''' – Pawińskiego 5A, Blok D, Warszawa PL-02-106, Poland
# '''Wuhan Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences''' – Xiaohongshan 44, Wuhan, 430071, China

== Project objectives ==

== Workpackages ==


== Planned results ==

== Social dynamics simulations ==

== ICM in RIVERS, popularisation ==

Rivers

2008-09-18T13:53:10Z

Rakowski: Removing all content from page

MediaWiki:Sidebar

2008-09-18T13:52:39Z

Rakowski:

MediaWiki:Sidebar

2008-09-18T13:52:13Z

Rakowski:

MediaWiki:Sidebar

2008-09-18T13:45:35Z

Rakowski:

MediaWiki:Sidebar

2008-09-18T13:35:50Z

Rakowski:

Template:Menu Rivers

2008-09-18T13:29:31Z

Rakowski: New page: {| align="right" width=23% style="background:#CCCCFF; color:#32127A; border:1px solid #32127A; margin-left:70px;" ! colspan="2" style="background:#32127A; color:#CCCCFF;" | [[ Socio_modul...

{| align="right" width=23% style="background:#CCCCFF; color:#32127A; border:1px solid #32127A; margin-left:70px;"
! colspan="2" style="background:#32127A; color:#CCCCFF;" | [[ Socio_module | Socio-Module ]]
|-
| colspan="2" align="center" | [[Socio_module: Model| '''Model''']]
|-
| colspan="2" align="center" | [[Socio_module: Tools | '''Software & tools developed''' ]]
|-
| colspan="2" align="center" | [[Socio_module: Results | '''Recent results''' ]]
|-
|-
! colspan="2" style="background:#32127A; color:#CCCCFF" | [[ Literature | Literature on virus infectivity with regard to: ]]
|-
| colspan="2" align="center" | [[Literature: humidity | '''Relative humidity''']]
|-
| colspan="2" align="center" | [[Literature: ph | '''pH conditions''' ]]
|-
| colspan="2" align="center" | [[Literature: temperature | '''Temperature''' ]]
|}

Projekt

2008-09-18T13:22:32Z

Rakowski: New page: {{Menu Modul socjo}} === Projekt === * <big>'''Projekt SSPE-CT-2006-44405 – Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems (RIVERS)'''</big> '''Wprowadzenie''...

{{Menu Modul socjo}}

=== Projekt ===

* <big>'''Projekt SSPE-CT-2006-44405 – Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems (RIVERS)'''</big>

'''Wprowadzenie''' – Pojawienie się, w znaczącej skali, choroby ptasiej grypy wywoływanej przez wysoko patogenicznego wirusa (H5N1) genotypu A, postawiło wiele pytań i problemów w związku z odpowiedzialnością za politykę ochrony i prewencji, ryzyko gospodarcze i zdrowotne. Wiedza naukowa o ekologii i występowaniu wirusa H5N1 w środowisku naturalnym jest wysoce niedostateczna. W szczególności nie zbadany został strategicznie istotny mechanizm przetrwania wszystkich odmian wirusa HPAIV (Highly Patogenic Avian Influenza Virus), w tym w szczególności szczepu H5N1. Dostępne dane są ograniczone, a często nawet sprzeczne, istnieje bardzo mało informacji dotyczących zachowania się wirusa ptasiej grypy w środowisku, a zatem w akwenach wodnych, w powietrzu oraz w glebie i na powierzchniach gruntowych. Nie istnieją także wypracowane metody oraz standardowe protokoły wykrywania jego obecności w środowisku naturalnym, w odchodach, w glebie, organizmach innych niż ptaki, a także w roślinności. Techniki takie powinny umożliwić szybkie, ilościowe, wystarczająco czułe, a przede wszystkim powtarzalne, oznaczenia obecności i stężenia wirusa w rutynowy sposób, w standardowych warunkach (także, a nawet szczególnie w warunkach polowych, oraz przez niedoświadczony personel). Wyniki badań przeprowadzonych na innych podtypach wirusa grypy nie mogą zostać w prosty sposób zaadaptowane do badań nad wirusem H5N1, choć mogą i powinny służyć za punkt wyjścia przy opracowywaniu matod specyficznych dla serotypu H5N1.

=== Uczestnicy Konsorcjum ===

W projekcie Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems (RIVERS) uczestniczy dziewięć instytucji, w tym trzy z kontynentu azjatyckiego:

# '''Institut Pasteur de Paris''' (koordynator projektu) – 25-28 rue du Docteur Roux, 75015, Paris, France
# '''Cantacuzino National Institute of Research and Development Microbiology and Immunology''' – Splaiul Independentei 103, district 5, Bucuresti, 1-525 050096, Romania
# '''The Stephan Angeloff Institute of Microbiology''' – Acad. G. Bonchev Str. 26, Sofia, 1113, Bulgaria
# '''Institut Pasteur du Cambodge''' – 5, Monivong Boulevard, Phnom Penh, 983, Cambodia
# '''Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences''' – Pasteur Institute of Shanghai – 225 South Chong Qing Rd., #2, Shanghai, 200025, China
# '''Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD)''' – 42 rue Scheiffer, 75116 Paris, France
# '''Institut Pasteur de Lille''' – 1 rue du Professeur Calmette, 59019, Lille, France
# '''Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego''' – Pawińskiego 5A, Blok D, Warszawa PL-02-106, Poland
# '''Wuhan Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences''' – Xiaohongshan 44, Wuhan, 430071, China

=== Projekt ===

* <big>'''Projekt SSPE-CT-2006-44405 – Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems (RIVERS)'''</big>

'''Wprowadzenie''' – Pojawienie się, w znaczącej skali, choroby ptasiej grypy wywoływanej przez wysoko patogenicznego wirusa (H5N1) genotypu A, postawiło wiele pytań i problemów w związku z odpowiedzialnością za politykę ochrony i prewencji, ryzyko gospodarcze i zdrowotne. Wiedza naukowa o ekologii i występowaniu wirusa H5N1 w środowisku naturalnym jest wysoce niedostateczna. W szczególności nie zbadany został strategicznie istotny mechanizm przetrwania wszystkich odmian wirusa HPAIV (Highly Patogenic Avian Influenza Virus), w tym w szczególności szczepu H5N1. Dostępne dane są ograniczone, a często nawet sprzeczne, istnieje bardzo mało informacji dotyczących zachowania się wirusa ptasiej grypy w środowisku, a zatem w akwenach wodnych, w powietrzu oraz w glebie i na powierzchniach gruntowych. Nie istnieją także wypracowane metody oraz standardowe protokoły wykrywania jego obecności w środowisku naturalnym, w odchodach, w glebie, organizmach innych niż ptaki, a także w roślinności. Techniki takie powinny umożliwić szybkie, ilościowe, wystarczająco czułe, a przede wszystkim powtarzalne, oznaczenia obecności i stężenia wirusa w rutynowy sposób, w standardowych warunkach (także, a nawet szczególnie w warunkach polowych, oraz przez niedoświadczony personel). Wyniki badań przeprowadzonych na innych podtypach wirusa grypy nie mogą zostać w prosty sposób zaadaptowane do badań nad wirusem H5N1, choć mogą i powinny służyć za punkt wyjścia przy opracowywaniu matod specyficznych dla serotypu H5N1.

=== Uczestnicy Konsorcjum ===

W projekcie Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems (RIVERS) uczestniczy dziewięć instytucji, w tym trzy z kontynentu azjatyckiego:

# '''Institut Pasteur de Paris''' (koordynator projektu) – 25-28 rue du Docteur Roux, 75015, Paris, France
# '''Cantacuzino National Institute of Research and Development Microbiology and Immunology''' – Splaiul Independentei 103, district 5, Bucuresti, 1-525 050096, Romania
# '''The Stephan Angeloff Institute of Microbiology''' – Acad. G. Bonchev Str. 26, Sofia, 1113, Bulgaria
# '''Institut Pasteur du Cambodge''' – 5, Monivong Boulevard, Phnom Penh, 983, Cambodia
# '''Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences''' – Pasteur Institute of Shanghai – 225 South Chong Qing Rd., #2, Shanghai, 200025, China
# '''Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (CIRAD)''' – 42 rue Scheiffer, 75116 Paris, France
# '''Institut Pasteur de Lille''' – 1 rue du Professeur Calmette, 59019, Lille, France
# '''Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego Uniwersytetu Warszawskiego''' – Pawińskiego 5A, Blok D, Warszawa PL-02-106, Poland
# '''Wuhan Institute of Virology, Chinese Academy of Sciences''' – Xiaohongshan 44, Wuhan, 430071, China

Działają one na rzecz opracowania metod wykrywania i identyfikacji wirusa ptasiej grypy serotypu A(H5N1) w celu zapobiegania i ewentualnej kontroli wybuchów epidemii ptasiej grypy. Wśród zadań postawionych w projekcie należy wyszczególnić: [1] – mikrobiologiczne zbadanie podstaw przeżywalności wirusa ptasiej grypy, [2] – zbadanie wpływu związków chemicznych i warunków fizycznych na przetrwanie wirusa, [3] – wyznaczenie roli zbiorników środowiskowych, [4] – opracowanie standardowych metod wykrywania oraz pomiarów koncentracji wirusa w środowiskach wodnych, materiałach spożywczych, wodach ściekowych, itp., [5] – przygotowanie adekwatnej bazy danych wraz z odpowiednimi narzędziami do ich analizy, a jeśli to możliwe, także zbudowania odpowiednich modeli symulacyjnych, w celu opracowania schematów działań opartych na danych obserwacyjnych, które służyłyby zapobieganiu i kontroli rozprzestrzeniania się wirusa ptasiej grypy wśród ludzi i zwierząt. Szczególnie w trakcie ponownego przywracania hodowli, po wypadkach jej całkowitego zniszczenia w trybie prewencyjnym.

=== Cele Projektu ===

Zasadniczym celem projektu RIVERS (Resistance of Influenza Viruses in Environmental Reservoirs and Systems) typu STREP (Specific Targeted REsearch or innovation Project), w ramach szóstego programu ramowego Unii Europejskiej, jest wypracowanie metod prewencyjnych i kontrolnych w stosunku do rozprzestrzeniania się wirusa ptasiej grypy A(H5N1). W ramach celu ogólnego można wyszczególnić następujące grupy:
* zebranie danych dotyczących przetrwania wirusa ptasiej grypy w środowiskach naturalnych
* uzyskanie podstaw naukowych wiedzy o przetrwaniu wirusa ptasiej grypy w warunkach eksperymentalnych
* znalezienie zależności wpływu różnorodnych czynników chemicznych i/lub fizycznych na przetrwanie wirusa ptasiej grypy
* znalezienie zależności wpływu różnych technologii stosowanych w przemyśle spożywczym na przetrwanie wirusa, oraz ewentualne opracowanie technologii zapobiegających
* w sytuacji gdy dostępne będą stosowne dane o zachowaniu wirusa A(H5N1), próba opracowania modeli analitycznych, a zwłaszcza modeli symulacyjnych, opisujących zdolności przetrwania i dynamikę rozwoju populacji wirusa ptasiej grypy w różnych środowiskach, oraz w warunkach kontrolowanych laboratoryjnie, dla istotnych gatunków zwierząt – tak hodowlanych jak i swobodnie migrujących, w określonych biotypach środowiska naturalnego.

=== Pakiety zadań projektu ===

Pakiety (WP – WorkPackages) projektu RIVERS zgrupowane są w cztery programy (WPG – WorkProgrammes) według struktury i zawartości merytorycznej podanej jak następuje:

'''WPG I''' – Przetrwanie wirusa ptasiej grypy w środowiskach i zbiornikach wodnych
* WP0: Podstawy molekularne dla przetrwania i mutacji wirusa, w szczególności badania tzw. „bio-equivalence” w odniesieniu do możliwości stosowania metod wypracowanych dla identyfikacji i wykrywalności wirusa grypy typu A(H1N1) dla analogicznych sytuacji w odniesieniu do wirusa A(H5N1).
* WP1: Koncentracja, identyfikacja i szacowanie ilościowe występowania wirusa grypy w zbiornikach wodnych, w terenach podmokłych i w faunie wodnej.
* WP2: Obserwacja wirusa ptasiej grypy w środowisku naturalnym
* WP3: Obserwacja koncentracji i przetrwania wirusa ptasiej grypy w warunkach eksperymentalnych
* WP4: Wpływ związków występujących w wodzie na przetrwanie wirusa AIV.
'''WPG II''' – Przetrwanie wirusa ptasiej grypy w powietrzu i na powierzchniach
* WP5: Wpływ czynników atmosferycznych na przetrwanie wirusa
* WP6: Żywotność wirusa w otoczeniu gospodarstw wiejskich.
* WP7: Wpływ związków w występujących powietrzu i na powierzchniach gruntowych na przetrwanie wirusa
* WP8: Określenie wpływu wybranych parametrów procesu produkcji spożywczej na przetrwanie wirusa.

'''WPG III''' – Modelowanie teoretyczne wraz z wnioskami i rekomendacjami
* WP9: Modelowanie dynamiki populacji wirusa grypy w naturalnych zbiornikach wodnych, w powietrzu oraz na powierzchniach, ze szczególnym uwzględnieniem gleby, akwenów wodnych i habitatów naturalnych.

'''WPG IV''' – Wykorzystanie i rozpowszechnienie wyników. Zarządzanie projektem.
* WP10: Wnioski i rekomendacje dla zapobieganiu, kontroli i zarządzania kryzysowego w razie wybuchów epidemii ptasiej grypy wśród ptactwa dzikiego i hodowlanego, potencjalnie prowadzących do powstania warunków dla pandemii porównywalnej z wysoce śmiertelnym epizodem tzw. grypy hiszpanki w latach 1918-1919.
* WP11: Zarządzanie projektem.

=== Planowane wyniki projektu ===

'''Zakładane wyniki projektu i ich ewentualny wpływ na rozwój badań'''
Projekt RIVERS skierowany jest na zagadnienia związane z infekcyjnością, w powiązaniu epidemiologią i kontrolą, a szczególnie z warunkami i czasem przetrwania wirusa ptasiej grypy w środowisku, na fermach hodowlanych, w akwenach wodnych, w powietrzu oraz zanieczyszczonych powierzchniach – zarówno w warunkach naturalnych, jak i kontrolowanych laboratoryjnie. Przeżywalność wirusa będzie badana w związku z jego podatnością na działanie czynników chemicznych, fizycznych – np. temperatury czy promieniowania ultrafioletowego, oraz ich wpływu na genotypową i fenotypową zmienność populacji, w określonych warunkach możliwych do wystąpienia w habitatach o największym prawdopodobieństwie wybuchu epidemii. Stężenia wirusa w określonych sytuacjach i środowiskach, uzyskane w pierwszych stadiach projektu, stanowić będą podstawę do: [a] tworzenia bazy danych zawierającej informacje o infekcyjnych i przetrwalnościowych własności wirusa ptasiej grypy, [b] budowania modeli cząstkowych, zarówno analitycznych – o ile statystyczna istotność danych na to pozwoli – oraz symulacyjnych w oparciu o hipotezy robocze, weryfikowalne następnie w pętli sprzężenia zwrotnego w oparciu o nowe dane eksperymentalne. Następnie wysiłek zostanie rozszerzony w kierunku standaryzowanych protokołów szybkiego wykrywania wirusa H5N1, w oparciu o konieczne do wypracowania metody i techniki detekcji. Informacja pozyskana w wyniku prac konsorcjum RIVERS pozwolić powinna na lepsze określenie stosownych wytycznych UE, oraz innych organizacji międzynarodowych w odniesieniu do metod detekcji, dezaktywacji, dezynfekcji, kontroli i zapobiegania powstawaniu ognisk występowania wirusa ptasiej grypy.

Oprócz zadań w obrębie Programu Tematycznego III ('''WPG III'''), którego Interdyscyplinarne Centrum Modelowania Matematycznego i Komputerowego jest koordynatorem, oraz zadań wynikających z kierowania Pakietem Tematycznym 9 ('''WP9'''), ICM uczestniczy we wszystkich fazach planowania eksperymentów, asymilacji, weryfikacji i walidacji danych w Pakietach '''WP0-WP5''' i '''WP8''', oraz konsultuje analogiczne zadania w Pakietach '''WP6-WP7'''.

Wykorzystując dane uzyskane sukcesywnie w trakcie realizacji Programów Tematycznych '''WPG I''' i '''WPG II''' przewiduje się zbudowanie analitycznych i symulacyjnych modeli opisujących przeżywalność wirusa w naturalnych zbiornikach wodnych, w powietrzu i na powierzchniach gruntownych. Zbiorniki wodne jako nieredukowalny element cyklu występowania wirusa pełnią szczególnie ważną rolę.
Pakiet zadań '''WP9''' zakłada także możliwość powiązania rezultatów prac z projektu RIVERS, oraz rezultatów innych badań w projektach ze zgłoszenia SSP-5B Influenza, realizowanymi w szczególności w obrębie zadań Task 3 i Task 4 w SSP-5B-INFLUENZA, dotyczącymi ekologii nosicieli wirusa oraz globalnego mechanizmu występowania wirusa w przyrodzie.

Projekt RIVERS koncentruje się na zagadnieniach środowiskowych, przy czym centralne rolę w rozprzestrzeniania się wirusa grypy stanowi jego infekcyjności w odniesieniu do ptaków wodnych, które uważa się za pierwotnego nosiciela wirusa grypy. Chociaż istnieje pewien zbiór danych dotyczących infekcji wirusa wśród dzikiego ptactwa, niewiele wiadomo o ekologii wirusa AIV. Zarówno dane zawierające informacje o okresach zainfekowania dzikiego ptactwa wirusem AIV, jak i dane dotyczące cyrkulacji wirusa w środowiskach naturalnych i hodowlanych są niekompletne, a mechanizm przetrwania wirusa nie został wyjaśniony. Jednym z możliwych celów pakietu '''WP9''' jest opracowanie przypuszczalnych modeli opisujących występowanie i dynamikę populacji wirusa w trakcie rocznego cyklu. O ile znajdzie to potwierdzenie w danych gromadzonych w obrębie zadań WP0-WP8, oraz biorąc pod uwagę założenia powstałe z uwzględnieniem aktualnego stanu wiedzy dotyczącej rozprzestrzeniania się i występowania wirusa AIV w przyrodzie można będzie zapewne wstępnie zaproponować szereg schematów koncepcyjnych ewentualnej cyrkulacji wirusa H5N1 w rocznym cyklu rozwojowym.

=== Symulacje w modelu dynamiki społecznej ===

''' Wielkoskalowy model symulacyjny dynamiki zachowań różnych subtypów wirusa grypy w wielomilionowych populacjach nosicieli '''
Z uwagi na niemal całkowity brak danych dotyczących przetrwalności oraz sposobów dezaktywacji wirusa ptasiej grypy A(H5N1) w środowiskach naturalnych, ze szczególnym uwzględnieniem akwenów wodnych, warunków sprzyjających przetrwaniu wirusa H5N1 w powietrzu, na powierzchniach czy w glebie – w początkowym etapie prac projektu RIVERS, zadania związane z budową modeli symulacyjnych koncentrować się będą na stworzeniu stochastycznej symulacji Monte Carlo. Model bazować będzie na metodologii, indywidualnych, heterogenicznych agentów software’owych, wyposażonych w atrybuty zarówno nosicieli (ludzkich), jak i ich immunologicznej historii przebytych infekcji z uwzględnieniem zakażenia szybko-zmiennymi serotypami HA1, HA3 oraz HB. Symulacje osiągnąć mają przede wszystkim zebranie statystycznie istotnych informacji o przebiegu epidemii, a zatem jej wybuchu, rozwoju i wygasania ognisk infekcji grypy wirusa A z uwzględnieniem genetycznej konkurencji serotypów H1N1, H3N2, oraz wirusa typu B. Model przewiduje asymilacje danych o gęstości populacji, rozmieszczeniu dużych zakładów pracy, szkół, oraz lokalizacji innych obiektów o wysokim współczynniku potencjalnych kontaktów osobników zakażonych i zdrowych, a także opartych o rozkłady gęstości informacji o częstotliwości i kierunkach podróży – zarówno jako typowych dojazdów do pracy/szkół etc, jak i z wykorzystaniem transportu na większych odległościach. Planowane jest przeprowadzenie symulacji w czasie quasi rzeczywistym, oraz z udziałem skalowalnej reprezentacji i rozmieszczenia skupisk ludności z uwzględnieniem ich georeferencji. Prawdopodobnie dla oddania zjawisk w 38-miomilionowej populacji modelowanej, wystarczające będzie używanie każdorazowo ok. 12–15 milionów osobników (agentów symulacji). Walidacja modelu powinna zatem, w pierwszej kolejności, umożliwić weryfikację zasadności i stosowalności przyjętego rodzaju skalowania. Następnie przewidziana jest analiza wrażliwości użytego modelu symulacyjnego w odniesieniu do parametrów wewnętrznych oraz walidacja w oparciu dostępne dane epidemiologiczne dla przemienności i fluktuacji występowania w populacji nosicieli subtypów wirusa H1N1, H3N2 oraz B. Bardzo istotnym elementem, w znaczny sposób decydującym o stopniu, w jakim powyższy model symulacyjny może być uznany za mimetyczny, czyli dobrze korespondujący z danymi obserwacyjnymi, jest jakościowe podobieństwo rezultatów analizy filogenetycznej odpowiadających sobie zespołów danych w obu przypadkach. Planowane jest w/z tym podjęcie prób przejścia z opisu jakościowego, do opisu chociażby pół-ilościowego, a zatem także do próby wypracowania kryteriów określenia stochastycznej istotności zmian obserwowanych w wyniku mutacyjnego dryfu kodu genetycznego poszczególnych serotypów wirusa grypy, oraz współbieżnych z nimi rezultatów modelowych. Jedną z możliwości jest zastosowanie metod nie wymagających uliniowania sekwencji podczas analizy, użyteczne np. przy filogenetycznych porównaniach całkowitych genomów, jednak ich stosowalność w przypadku analizy wirusów grypy wymagać będzie odrębnego potraktowania i weryfikacji.

=== Rekomendacje i Popularyzacja ===

'''Rekomendacje''' – ICM jest w projekcie RIVERS koordynatorem Programu Tematycznego III (WPG III), w ramach którego koordynuje prace nad wypracowaniem rekomendacji dla zapobiegania, kontroli i zarządzania kryzysowego w razie wybuchów epidemii ptasiej grypy wśród ptactwa dzikiego i hodowlanego, oraz innych działań, w oparciu o pozyskane dane eksperymentalne, wyniki modeli cząstkowych oraz modelu dynamiki zachowań wirusa A(H5N1) w różnych środowiskach.

'''Popularyzacja''' – udostępnianie i rozpowszechnianie wyników projektu odbywać się będzie przede wszystkim poprzez publikacje naukowe, a także w postaci raportów dla komitetu SPP-5B-INFLUENZA przy komisarzu UE. Zasadnicze informacje o przebiegu prac znajdą się na oficjalnej stronie konsorcjum [http://www.rivers.eu RIVERS]. Dodatkowo, dedykowany serwer zlokalizowany w ICM, obok pełnienia funkcji bezpiecznego repozytorium danych dla sieci intranet wewnątrz konsorcjum, służy jako platforma udostępniania i wizualizacji wyników symulacji, ze szczególnym uwzględnieniem rezultatów tematu: „Wielkoskalowy model symulacyjny dynamiki zachowań różnych subtypów wirusa grypy w wielomilionowych populacjach nosicieli”, który z uwagi na wykorzystywanie wyłącznie publicznie dostępnych danych populacyjnych i genetycznych, oraz epidemiologiczny charakter oczekiwanych wyników jest szczególnie predestynowany do szerokiego upowszechnienia. ICM, równolegle do zadań realizowanych w ramach umowy konsorcyjnej, popularyzować będzie także wyniki polskie. Zadania popularyzacyjne będzie częściowo finansowane ze środków własnych centrum. Względy aktualności informacji, polityki upowszechniania wiedzy w ICM, etc., wymagają utrzymania i stałej aktualizacji stron WWW projektu. Poza obsługą techniczną potrzebna będzie także stała praca edytorska, redakcyjna i dokonywanie przekładów. W ramach wkładu własnego ICM zapewni obsługę techniczną serwera WWW, oraz aktualizację bieżącą stron WWW.

MediaWiki:Sidebar

2008-09-18T13:19:05Z

Rakowski:

MediaWiki:Sidebar

2008-09-18T13:16:20Z

Rakowski:

MediaWiki:TexInclude

2008-07-22T11:01:39Z

Rakowski: New page: % default include file for the WikiTex extension % this is prepended to the formula to be typeset % this is plain tex % \def\frac#1#2{{\begingroup#1\endgroup\over#2}} \font\tenfrak=eufm...

% default include file for the WikiTex extension
% this is prepended to the formula to be typeset
% this is plain tex
%
\def\frac#1#2{{\begingroup#1\endgroup\over#2}}
\font\tenfrak=eufm10
\font\eightfrak=eufm8
\newfam\eufm
\textfont\eufm=\tenfrak\scriptfont\eufm=\eightfrak
\def\frak#1{{\fam\eufm #1}}
\def\mathcal#1{{\cal #1}}
\def\mathbb#1{\mathord{\mathchoice{\hbox{\tenbf #1}}{\hbox{\tenbf #1}}%
{\hbox{\sevenbf #1}}{\hbox{\fivebf #1}}}}
% this is for entering math inside math
\def\math#1{$#1$}
% this is for equation numbers:
\def\eqno#1{}
%

MediaWiki:Common.css

2008-07-22T10:54:33Z

Rakowski: New page: /* CSS placed here will be applied to all skins */ /* displayed formula, formula number */ div.texdisplay { margin: 3px; padding: 3px; background-color: transparent; text-align:c...

Modul socjo: Wyniki

2008-07-04T13:43:06Z

Rakowski: Undo revision 88 by Magd (Talk)

{{stub}}
{{Menu Modul socjo}}

[[Image:english.png|20px]] [[Modul_socjo: Results | '''Wersja artykułu w języku angielskim''' ]]

===Charakterystyka zaludnienia w Polsce===

[[Image:pop_density.png|thumb|left|Rys 1: Gęstość zaludnienia]]

Rozkład typów gmin na obszarze Polski, rys.2 
oraz gęstość zaludnienia w Polsce, rys.1.

[[Image:commune_types.png|thumb|right|Rys 2: Typy gmin]]

[[Image:low.png|thumb|left|Rys 3: Obszary słabo zaludnione]]
[[Image:high.png|thumb|right|Rys 4: Obszary gęsto zaludnione]]

Ułamki powierzchni obszaru gminy o niskiej, rys.3, lub wysokiej, rys.4, gęstości zaludnienia.

[[Image:pop_density_districts.png|thumb|left|Rys 5: Gęstość zaludnienia w gminach]]

[[Image:area_districts.png|thumb|right|Rys : Rozkład gęstości powierzchni gmin]]
[[Image:fraction_pop_density_districts.png|thumb|left|Rys : Rozkłady gęstości stopnia zaludnienia gmin]]
[[Image:fraction_vs_area_districts.png|thumb|right|Rys : Obszary zaludnienia gmin w zależności od powierzchni gminy]]

Modul socjo: Wyniki

2008-07-04T13:42:46Z

Rakowski: Undo revision 89 by Magd (Talk)

{{stub}}
{{Menu Modul socjo}}

[[Image:english.png|20px]] [[Modul_socjo: Results | '''Wersja artykułu w języku angielskim''' ]]

===Charakterystyka zaludnienia w Polsce===

MediaWiki:Sidebar

2008-07-01T12:57:07Z

Rakowski:

MediaWiki:Sidebar

2008-07-01T12:56:54Z

Rakowski:

MediaWiki:Sidebar

2008-07-01T12:56:00Z

Rakowski:

MediaWiki:Sidebar

2008-07-01T12:55:47Z

Rakowski:

RiversWiki - User contributions [en]

MediaWiki:Sidebar

Epidemics:guineapigs:results

MediaWiki:Common.css

Epidemics:guineapigs:model

MediaWiki:Sidebar

MediaWiki:Sidebar

Socio module

MediaWiki:Common.css

MediaWiki:Common.css

MediaWiki:Common.css

Socio module

Socio module:data

Template:Stub

MediaWiki:Common.css

MediaWiki:Common.css

MediaWiki:Common.css

Template:Stub

MediaWiki:Common.css

Template:Stub

MediaWiki:Common.css

MediaWiki:Common.css

MediaWiki:Common.css

MediaWiki:Common.css

MediaWiki:Common.css

MediaWiki:Common.css

Template:Menu Socio module

MediaWiki:Common.css

Template:Menu Socio module

MediaWiki:Common.css

Rivers

Archive

Archive

Archive

Rivers

MediaWiki:Sidebar

MediaWiki:Sidebar

MediaWiki:Sidebar

MediaWiki:Sidebar

Template:Menu Rivers

Projekt

MediaWiki:Sidebar

MediaWiki:Sidebar

MediaWiki:TexInclude

MediaWiki:Common.css

Modul socjo: Wyniki

Modul socjo: Wyniki

MediaWiki:Sidebar

MediaWiki:Sidebar

MediaWiki:Sidebar

MediaWiki:Sidebar